R&D Engineer

About us:

Nomic was founded with the purpose of making biology easier to measure. To do this, we have untangled some of the most difficult problems in protein profiling. Our team is combining DNA nanotechnology, high-dimensional flow cytometry, laboratory automation, and machine learning to develop the world’s highest throughput proteomic platform: the nELISA.

Since spinning out of McGill University, we have partnered with and provided platform access to dozens of drug discovery groups including GSK, 4 of the top 10 pharmas, and leading biotechs. We have recently launched a state of the art manufacturing and protein profiling facility that enables multiplexed measurement of >2.5M samples a year, generating an effective 500M protein assays in the process.

We are building a diverse team of engineers, scientists, and world-changers. We like to break down difficult problems using a first principles approach, often leveraging the latest breakthroughs from across the scientific and technological spectrum to drive our mission forward.

Nomic is headquartered in Montreal, Canada with a satellite research lab in Boston, Massachusetts. The majority of our team is based in Montreal and works in a new, shared office/laboratory space.

About the role:

Our Data team’s mission is to design, build, operate and improve the data pipelines needed for analyzing nELISA data at scale. Strong fundamentals in data science and data algorithms is key to our vision of the future, and every aspect of our company today is geared towards generating more useful proteomic data. In the lab we are scaling the nELISA to generate higher plex and lower cost proteomic data points, and outside the lab we help our users to best leverage nELISA data for their biological research.

Our development roadmap includes building more robust data pipelines for decoding nELISA datasets, generating advanced and application-specific bioinformatic pipelines to help customers understand their unique datasets, and developing improved internal-facing tools that will let us execute faster in the lab by extracting insights from our nELISA profiling and manufacturing QC data on-demand.

As an R&D Engineer focused on data algorithms, you will bridge our in-lab technology development efforts with engineering improved data processing algorithms. Specifically, you will play a critical, first-hand role in developing core improvements to the data pipelines and data algorithms we use for processing all things nELISA data. Day to day this role will consist of:

• You will primarily be responsible for designing, building, iteratively improving, and fully automating the data pipelines and algorithms we use for processing raw flow cytometry data from our highly multiplexed bead-based assays into quantitative protein measurements. This will be done in close collaboration with your Data Engineering, Software Engineering, and Lab R&D teammates.

• You will leverage your fundamental knowledge of biosensors, fluorescence data, and bioengineering R&D to act as an expert for the interpretation, and analysis of, nELISA experimental data coming from R&D and day-to-day Lab Operations, connecting the fundamentals of the science to the specifics of the data.

• You will also support R&D and Lab Operations teams through developing additional data support features and algorithms to support the growth of Nomic going forward. This will include any new data analysis pipelines to analyze nELISA data, including QC data from our daily manufacturing and profiling operations.

• This role will involve substantial communication, teamwork, and attention to detail, especially when identifying and troubleshooting issues related to nELISA data and ensuring we build the right tools, and the right abstractions, for our teammates and for customers.

• When tooling does not yet exist, you will be responsible for analyzing nELISA data using our suite of decoding and analysis tools, as well as leveraging your technical and bioscience domain expertise to develop new data analysis pipelines when needed.

• You will be relied on to support the R&D and Lab Operations teams with guidance on experimental design and analysis when needed.

What we’re looking for:

• PhD degree in bioengineering (or a related engineering-focused field of study), or equivalent experience in industry, with a focus on biosensor platforms, quantitative fluorescence data, or similar.

• 3+ years of experience specifically with analyzing bioscience data and developing improved data processing algorithms.

• 2+ years software engineering/development experience (i.e. you must be comfortable coding in a collaborative environment with more experienced software engineers).

• Statistical skills including bayesian statistics, sampling methods, mixed models, and other statistical concepts.

• Highly proficient in proteomic tools and their associated methods. In particular you would be an expert on multiple of: immunoassays, nucleic acid amplification, DNA nanoarchitecture and design, separation-based techniques for biological samples and compounds, biophysics / fluorescence, and signal processing.

• Together with deep knowledge of, and first hand experience optimizing: surface chemistry (passivation, functionalization, regeneration), DNA-based circuits and DNA biosensor designs, fluorophores/fluorescence and FRET, antibody-antigen interactions and ligand binding, and all things to do with bead-based biosensors.

• Experience working collaboratively on data science problems with wet lab scientists, ideally in a startup or equivalent fast paced environment.

• Excellent communication skills (written, verbal, and in a codebase) and an independent problem solver.

Join us if you:

• Connect deeply with our mission, ambition and sense of duty. Our mission isn’t marketing flash: we developed our technology to better measure biology and discover biomarkers for early disease detection. We firmly believe we will be successful in literally eradicating certain diseases by enabling them to be diagnosed earlier. We also believe that our hard work to bring this technology to its full potential is our duty.

• Are up for a challenge and want to grow: We are a team of problem-solvers, and we continually put ourselves to the test and go into the unknown. We have a growth mindset, both on hard and soft skills, and we rely on each other to give critical and candid feedback to ensure that we can all reach our full potential.

• Want to be at the cutting-edge of biotechnology. The nELISA is a new tool that leverages DNA nanotechnology to generate proteomic data more efficiently than ever before. You get to design and build the data pipelines that will support the scaling of this technology going forward.

• Love writing code and analyzing biological data, and want to be responsible for driving improvements to data pipelines from a full-stack perspective.

• Prefer working and communicating within a diverse cross-functional team. You would get to interface with your teammates from the broader Engineering, Operations, and Commercial teams on a daily basis, joining a collaborative, diverse, and inclusive team where your ideas will be valued.

• Want the responsibility of addressing some of our hardest problems. Data is one of our core competencies, and researching and developing improvements to the way we analyze data has a compounding benefit on all other aspects of our company and our customers, most notably the scientists using the nELISA and patients that will ultimately benefit from nELISA data.

If you are passionate about building algorithms and data pipelines for biology, want to drive innovation in proteomics, and are eager to make a meaningful impact in the world, we invite you to apply and join us on our journey to redefine proteomics and the understanding of biology.

À propos de nous:

Nomic a été fondée dans le but de rendre la biologie plus facile à mesurer. Pour ce faire, nous avons démêlé certains des problèmes les plus difficiles dans le profilage des protéines. Notre équipe combine la nanotechnologie ADN, la cytométrie en flux à haute dimension, l'automatisation des laboratoires et l'apprentissage automatique pour développer la plateforme de protéomique la plus performante au monde : la nELISA.

Depuis que nous avons émergé de l'Université McGill, nous avons collaboré et fourni l'accès à notre plateforme à des dizaines de groupes de découverte de médicaments, tels que GSK, 4 des 10 plus grandes entreprises pharmaceutiques et des entreprises de biotechnologie de premier plan. Nous avons récemment mis sur pied une technologie innovatrice de fabrication et de profilage de protéines qui permet la mesure multiplexée de plus de 2,5 millions d'échantillons par année, ce qui génère concrètement 500 millions d'analyse de protéines au courant du processus.

Nous constituons une équipe diversifiée d'ingénieurs, de scientifiques et de changeurs du monde. Nous aimons décomposer les problèmes difficiles en utilisant une approche de principes fondamentaux, souvent en exploitant les plus récentes avancées scientifiques et technologiques pour faire progresser notre mission.

Le siège social de Nomic est situé à Montréal, Canada, avec un laboratoire de recherche satellite à Boston, Massachusetts. La majorité de notre équipe est basée à Montréal et travaille dans un nouvel espace de bureaux/laboratoires partagés.

À propos du poste:

La mission de notre équipe Data est de concevoir, construire, exploiter et améliorer les pipelines de données nécessaires pour analyser les données nELISA à grande échelle. Des bases solides en science des données et en algorithmes de données sont essentielles pour notre vision de l'avenir, et chaque aspect de notre entreprise aujourd'hui est orienté vers la génération de données protéomiques plus utiles. Au laboratoire, nous développons le nELISA pour générer des points de données protéomiques à plus haut multiplexage et à coût réduit, et en dehors du laboratoire, nous aidons nos utilisateurs à tirer le meilleur parti des données nELISA pour leurs recherches biologiques.

Notre feuille de route de développement inclut la construction de pipelines de données plus robustes pour décoder les ensembles de données nELISA, la génération de pipelines bioinformatiques avancés et spécifiques aux applications pour aider les clients à comprendre leurs ensembles de données uniques, et le développement d'outils internes améliorés qui nous permettront d'exécuter plus rapidement au laboratoire en extrayant des informations de nos données de profilage nELISA et de contrôle de qualité de fabrication à la demande.

En tant qu'Ingénieur R&D spécialisé dans les algorithmes de données, vous ferez le lien entre nos efforts de développement technologique en laboratoire et l'ingénierie des algorithmes de traitement des données améliorés. Plus précisément, vous jouerez un rôle essentiel et direct dans le développement des améliorations fondamentales des pipelines de données et des algorithmes de données que nous utilisons pour traiter toutes les données nELISA. Au quotidien, ce rôle consistera à:

• Vous serez principalement responsable de la conception, de la construction, de l'amélioration itérative et de l'automatisation complète des pipelines de données et des algorithmes que nous utilisons pour traiter les données brutes de cytométrie en flux issues de nos tests multiplexés basés sur des billes en mesures quantitatives de protéines. Cela se fera en étroite collaboration avec vos collègues en ingénierie des données, en ingénierie logicielle et en recherche et développement en laboratoire.

• Vous utiliserez vos connaissances fondamentales en biosenseurs, données de fluorescence et recherche et développement en bioingénierie pour agir en tant qu'expert dans l'interprétation et l'analyse des données expérimentales nELISA provenant de la R&D et des opérations quotidiennes du laboratoire, en reliant les fondamentaux scientifiques aux spécificités des données.

• Vous soutiendrez également les équipes de R&D et des opérations de laboratoire en développant des fonctionnalités et des algorithmes supplémentaires pour soutenir la croissance de Nomic à l'avenir. Cela inclura tout nouveau pipeline d'analyse de données pour analyser les données nELISA, y compris les données de contrôle qualité issues de nos opérations de fabrication et de profilage quotidiennes.

• Ce rôle impliquera une communication substantielle, un travail d'équipe et une attention aux détails, en particulier lors de l'identification et du dépannage des problèmes liés aux données nELISA et en veillant à ce que nous construisions les bons outils et les bonnes abstractions pour nos collègues et nos clients.

• Lorsque les outils nécessaires n'existent pas encore, vous serez responsable de l'analyse des données nELISA en utilisant notre suite d'outils de décodage et d'analyse, ainsi que d'exploiter votre expertise technique et en biosciences pour développer de nouveaux pipelines d'analyse de données si nécessaire.

• Vous serez sollicité pour soutenir les équipes de R&D et des opérations de laboratoire en fournissant des conseils sur la conception expérimentale et l'analyse lorsque cela sera nécessaire.

Ce que nous recherchons :

• Doctorat en bioingénierie (ou dans un domaine d'étude similaire axé sur l'ingénierie), ou expérience équivalente dans l'industrie, avec une spécialisation dans les plateformes de biosenseurs, les données de fluorescence quantitative ou un domaine similaire.

• Plus de 3 ans d'expérience spécifique dans l'analyse de données en biosciences et le développement d'algorithmes améliorés de traitement des données.

• Plus de 2 ans d'expérience en ingénierie/développement logiciel (c'est-à-dire que vous devez être à l'aise pour coder dans un environnement collaboratif avec des ingénieurs logiciels plus expérimentés).

• Compétences statistiques incluant les statistiques bayésiennes, les méthodes d'échantillonnage, les modèles mixtes et d'autres concepts statistiques.

• Maîtrise avancée des outils protéomiques et de leurs méthodes associées. En particulier, vous seriez un expert dans plusieurs domaines : immunoessais, amplification des acides nucléiques, nanoarchitecture et conception de l'ADN, techniques de séparation pour échantillons biologiques et composés, biophysique / fluorescence et traitement du signal.

• Connaissance approfondie et expérience directe dans l'optimisation de : chimie de surface (passivation, fonctionnalisation, régénération), circuits à base d'ADN et conceptions de biosenseurs à ADN, fluorophores/fluorescence et FRET, interactions anticorps-antigène et liaison des ligands, et tout ce qui concerne les biosenseurs à billes.

• Expérience de travail collaborative sur des problèmes de science des données avec des scientifiques de laboratoire humide, de préférence dans une startup ou un environnement rapide équivalent.

• Excellentes compétences en communication (écrite, verbale et dans le code) et capacité à résoudre des problèmes de manière autonome.

Joignez-vous à notre équipe si:

• Notre mission vous stimule, répond à vos ambitions et votre sens du devoir. Notre mission n'est pas un simple coup de publicité : nous avons développé notre technologie pour mieux mesurer la biologie et découvrir des biomarqueurs pour la détection précoce des maladies. Nous croyons fermement que nous réussirons à éradiquer littéralement certaines maladies en permettant leur diagnostic plus tôt. Nous croyons également que notre travail acharné pour amener cette technologie à son plein potentiel est notre devoir.

• Vous êtes prêt(e) à relever un défi et à grandir : nous sommes une équipe de solutionneurs de problèmes, et nous nous mettons constamment à l'épreuve et plongeons dans l'inconnu. Nous avons une mentalité de croissance, tant sur les compétences techniques que générales, et nous comptons les uns sur les autres pour donner des retours critiques et francs afin de nous assurer que nous puissions tous atteindre notre plein potentiel.

• Vous souhaitez être à la pointe de la biotechnologie. La nELISA est un nouvel outil qui exploite la nanotechnologie ADN pour générer des données protéomiques plus efficacement que jamais auparavant. Vous aurez la possibilité de construire et d'exploiter les pipelines de données qui soutiendront l'évolution de cette technologie.

• Vous aimez analyser des données biologiques et écrire du code, et souhaitez apprendre à améliorer une pipeline de données d'une perspective full-stack.

• Vous préférez travailler et communiquer au sein d'une équipe diversifiée et multi-disciplinaire. Vous serez en contact avec des collègues des équipes R&D, Ingénierie, Opérations et Commerciale au quotidien, rejoignant une équipe collaborative, diversifiée et inclusive où vos idées seront valorisées.

• Vous voulez la responsabilité de résoudre certains de nos problèmes les plus difficiles. Les données sont l'une de nos compétences de base, et la recherche et le développement d'améliorations de notre manière d'analyser les données ont un bénéfice cumulatif sur tous les autres aspects de notre entreprise et de nos clients, notamment les scientifiques utilisant la nELISA et les patients qui bénéficieront en fin de compte des données nELISA.

Si vous êtes passionné(e) par la création d'algorithmes et de pipelines, souhaitez stimuler l'innovation en protéomique, et désirez avoir un impact significatif sur le monde, nous vous invitons à postuler et à nous rejoindre dans notre mission de redéfinir la protéomique et la compréhension de la biologie.